㈠ 华因康测序仪和solid测序仪有什么区别
BGISeq-500(内部开发代号Zebra)从命名上就很微妙,看起来直接竞争对手就是illumina 家的NextSeq 500。之前也有两款国产测序仪,中科紫鑫BIGIS-I和华因康PSTAR-II,在这个贴里我觉得还是不要拿出来被嘲讽以及恶心老东家了。 主要参数: 通量:BGISeq-500: 8-200G,NextSeq 500:25G-120G 读长:BGISeq-500: 50SE/50PE/100SE/100PE,NextSeq 500:75SE/75PE/150PE 质量:BGISeq-500: Q30 bases > 85%,NextSeq 500:Q30 bases > 75%/80% (嘿嘿) 运行时间:BGISeq-500: ~24h,NextSeq 500:12-30h 可以说是,两家500全方位正面刚!NextSeq 500的主要目标客户就是、检验所级别的中小型规模应用场景,有别于Hiseq定位于测序工厂,Miseq定位于实验室高精度快速的科研用途。通量可上可下,可以做人类全基因组测序,也可以做Nifty。从官方数据上看,两家500各领,各有千秋。
㈡ DNA测序仪
DNA测序仪:
DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括sanger双脱氧链终止法和maxam-gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今 DNA序列分析的主流。美国pe abi公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪,其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。
原理:
abi prism 310型基因分析仪(即dna测序仪),采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳,应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddntp(标记终止物法),因此通过单引物pcr测序反应,生成的pcr产物则是相差1个碱基的3''''末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物,使得四种荧光染料的测序 pcr产物可在一根毛细管内电泳,从而避免了泳道间迁移率差异的影响,大大提高了测序的精确度。由于分子大小不同,在毛细管电泳中的迁移率也不同,当其通过毛细管读数窗口段时,激光检测器窗口中的ccd(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测,激发的荧光经光栅分光,以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光,并在ccd摄影机上同步成像,分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列,从而达到DNA测序的目的。分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。
它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。pe公司还提供凝胶高分子聚合物,包括DNA测序胶(pop 6)和genescan胶(pop 4)。这些凝胶颗粒孔径均一,避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。它主要由毛细管电泳装置、macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。电脑中则包括资料收集,分析和仪器运行等软件。它使用最新的ccd摄影机检测器,使DNA测序缩短至2.5h,pcr片段大小分析和定量分析为 10~40min。
由于该仪器具有DNA测序,pcr片段大小分析和定量分析等功能,因此可进行DNA测序、杂合子分析、单链构象多态性分析(sscp)、微卫星序列分析、长片段pcr、rt-pcr(定量pcr)等分析,临床上可除进行常规DNA测序外,还可进行单核苷酸多态性(snp)分析、基因突变检测、hla配型、法医学上的亲子和个体鉴定、微生物与病毒的分型与鉴定等。
㈢ 三种高通量测序仪区别 比较
看一下这篇文章,这里面有着三种平台的比较:
performance comparison of benchtophigh-throughput sequencing platforms
里面有通量、准确性、数据量、读长等的比较。
㈣ 基因测序仪的原理
基因测序仪是一种在医学领域使用的仪器。
原理:
abi prism 310型基因分析仪采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳,应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddntp(标记终止物法),因此通过单引物pcr测序反应,DNA测序仪生成的pcr产物则是相差1个碱基的3''''末端为4种不同荧光染料的单链dna混合物,使得四种荧光染料的测序 pcr产物可在一根毛细管内电泳,从而避免了泳道间迁移率差异的影响,大大提高了测序的精确度。由于分子大小不同,在毛细管电泳中的迁移率也不同,当其通过毛细管读数窗口段时,激光检测器窗口中的ccd(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测,激发的荧光经光栅分光,以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光,并在ccd摄影机上同步成像,分析软件可自动将不同荧光转变为dna序列,从而达到dna测序的目的。分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。
㈤ 能简单说说测序仪是什么原理吗
最日常的Sanger测序是基于类似PCR的反应的,反应体系里加入一定比例的双脱氧并带荧光的ddNTP。反应使用单向引物,从同一个位置起始,如果一个分子在这一步加上的是ddNTP,那它就不会继续延伸了。这样产生的一系列不同长度的产物,都带有停止反应那个位置的碱基所对应的荧光标记。然后产物拉个单碱基分辨能力的电泳,每个位置的荧光颜色对应于它的碱基类型。
㈥ illumina 有哪些测序仪
Illumina的测序仪是以flowcell进行测序的,一般的一张flowcell是一个run,像Hiseq2500的话是2张flowcell,也就是一次运行的测序量。每张flowcell上通常都有多个通道,每个通道可以单独测不同的样品,这样的通道就是lane。Hiseq2500的一张flowcell有8条通道,也就是8个lane。
如果上机前使用cbot的话可以每条lane都跑不同的样品,互不干扰,如果直接上机进行快速模式的话就无法区分不同样本了。
㈦ 第三代基因测序仪在哪里诞生了
由南方科技大学贺建奎团队自主研发的第三代基因测序仪在深圳诞生,目前已完成小批量样机生产,待量产后每个人有望拥有个人专属的“基因身份证”。
目前,贺建奎团队已完成第三代基因测序仪和配套试剂的所有研发,并取得包括授权和申请中的专利总数92件以及10余件海外专利申请。接下来将进入大批量投产阶段。
科学技术是突飞猛进,越来越方便人们的生活。
㈧ 现在市面上的基因测序仪 哪个牌子好要是人基因全序列的
现在测序仪占最大头的是illumina,数据量最大,通量高,准确性也还可以,还有就是roche的454,这个平台读长长,准确性高,但是数据量小;然后就是life technology的PGM,这个速度快,数据量小,现在新出的Proton数据量会提高到100G,不知道准确性如何;这些平台都是可以测全基因组的!
㈨ 如何评价华大推出的Revolocity测序仪
1. 测序原理依然是CG一直用的Sequencing by ligation (SBL) 而非illumina家明显占优势的Sequencing by synthesis (SBS)。 虽然CG在前一段时间买了SBS的专利,但在这款测序仪上明显没有使用。28bp的读长应该是4个7mer连起来的长度。
2. 读长是28bp。50x coverage一个WGS,每年10000个WGS,一个run跑8天来算的话,一个run的通量大概是32.8T,就数据量讲,绝对是测序仪中航母的体量的 #当然占地面积更是#。准确度按照官方的话说应该是“unbelievable accuracy”,大概错误率是1E-6这个级别,显然是比任何面试的测序仪正确率都远远要高。但是请不要忽略了CG这台测序仪的读长只有28bp,而请考虑把illumina的读长从250bp和150bp砍到28bp再比较正确率的情况。
3.1 先说优势。数据产量巨大,因而单位成本一定很低,适合做人类基因组的重测序。CG打从出生就标榜是“人类基因组重测序的最佳测序平台”。28bp的读长,复杂度低的“人类”基因组(或是外显子组)处理起来尚且算是得心应手。28bp只能做重测序,组装什么的还是撸撸睡吧。而对于NIPT以及类似的技术,测序过程就是“堆砌数据量”,仅需检测拷贝数变化而不关注覆盖度和SNP水平的变异,CG这款新机器可能是非常好的选择(我不是很确定的是,28bp这个长度是否可能对大规模混样而需要许多复杂度较高的barcode什么的造成一定的麻烦)。而类似于未来的面向肿瘤无创早起筛查的游离肿瘤细胞(ctC)检测, 游离肿瘤DNA(ctDNA)检测,以及面向产前胎儿基因组测序的胎儿有核红细胞(FNRBC)检测,所测绝大部分数据将是无用数据,CG这种“数据不要钱”的平台的优势可能就会显现。不就是堆数据量么,咱在行。
3.2 劣势嘛,数据量太大也是一个劣势——凑不满run,一般人根本跑不动。参考Hiseq X尴尬的现状。然后读长是硬伤,所以除了“人类”“重测序”以外,几乎没办法应用于别的领域了(熊猫那种比人类基因组复杂度还要远低的大概还是可以啦)。以及28bp对pooling时barcode的影响,表示略担心。其他的,参考CG以前的机器,其运行稳定性是个考验,毕竟8天时间不短,反应量数据量都巨大,不知道会不会很容易需要“售后”。
㈩ DNA测序仪已发展到第几代了什么时候人们才开始关注DNA测序的国内外的DNA测序仪发展的现状
测序仪市场在用的,到第三代测序仪。
第一个测序实验是Sanger于1960s进行,于1976年正式出现第一台商用测序仪。为第一代测序仪;
国内外主流测序仪主要有以下几种:
第一代测序仪:ABI 的3730XL型号测序仪,测序原理是sanger法测序;
第二代测序仪:illumina的MiSeq、NextSeq、HiSeq等系列型号测序仪;ion torrent的ion Proton测序仪;ABI的SOLID测序仪(已不在中国供货);罗氏的454测序仪(已于2013年底停产);
第三代测序仪:CG公司的CG测序系统(2013年被华大基因收购,有人认为CG不属于第三代测序仪);太平洋生物公司的PacBio RSII测序仪等。